SecureDoc Disk Encryption jest programem szyfrującym, który pozwala na ochronę poufnych danych przed dostępem osób niepowołanych. Program umożliwia zaszyfrowanie całego dysku twardego wraz z wszystkimi jego partycjami (także partycję startową) oraz szyfrowanie dyskietek i nośników wymiennych typu ZIP lub Jaz. Wszystkie dane przechowywane na zaszyfrowanym dysku lub dyskietce są automatycznie szyfrowane "w locie" w momencie zapisu i rozszyfrowywane w momencie odczytu.

SecureDoc Disk Encryption jest systemem w pełni transparentnym, co oznacza, że pracując z nim użytkownik nie musi pamiętać o szyfrowaniu i rozszyfrowywaniu swoich zbiorów. Komputer, na którym zainstalowany jest SecureDoc robi to za niego automatycznie przy każdym dostępie do dysku. Proces szyfrowania i rozszyfrowywania wykonywany jest w tym przypadku jako niskopoziomowy proces systemu operacyjnego, przez co z punktu widzenia użytkownika jest niezauważalny. Innymi słowy, gdyby użytkownik miał do dyspozycji dwa identyczne komputery, jeden chroniony programem SecureDoc a drugi nie chroniony, to po zalogowaniu się nie byłby w stanie stwierdzić, na którym dane są szyfrowane a na którym nie są. Zachowanie obu komputerów byłoby identyczne.

Program SecureDoc został stworzony do ochrony całych dysków a nie tylko poszczególnych plików lub katalogów. Program szyfrując dysk lub partycję szyfruje praktycznie każdy jego sektor, dzięki czemu wszystkie informacje przechowywane są na nim wyłącznie w formie zaszyfrowanej, łącznie z samym systemem operacyjnym, wszystkimi danymi, plikami tymczasowymi, plikiem wymiany (swap file), plikami znajdującymi się w koszu na śmieci oraz plikami usuniętymi z kosza. Gwarantuje to, że żadne poufne informacje nigdy nie znajdą się choćby tymczasowo w niezaszyfrowanej formie na dysku, a tym samym nie będą mogły być przechwycone przez osoby niepowołane. Szyfrowanie całego dysku i wszystkich przechowywanych na nim informacji jest jedyną metodą ochrony danych dającą użytkownikowi 100% pewność bezpieczeństwa.

Na rynku istnieje obecnie wiele programów szyfrujących jedynie wybrane przez użytkownika pliki i katalogi lub też tworzących tzw. wirtualne szyfrowane dyski, które w rzeczywistości są plikami, w których przechowywane są zakodowane dane. Poziom bezpieczeństwa, jaki dają tego typu rozwiązania jest zależny głównie od samego użytkownika. W tym przypadku to użytkownik musi pamiętać, aby zakodować dany plik czy katalog lub zapisać poufne informacje na zaszyfrowanym wirtualnym dysku. Co więcej, musi on pamiętać o skasowaniu wszystkich tymczasowych kopii poufnego dokumentu czy pliku, które system operacyjny mógł automatycznie stworzyć podczas pracy nad nim (np. w tymczasowym katalogu Windows). W przeciwnym przypadku szyfrowanie czegokolwiek ma umiarkowany sens - potencjalny intruz zamiast łamać szyfr lub zgadywać hasła skorzysta z niezaszyfrowanej kopii.

Problem ten nie istnieje w przypadku programu SecureDoc firmy WinMagic Inc., ponieważ wszystkie pliki zapisywane na chronionym nim dysku są automatycznie szyfrowane - także kopie tymczasowe lub pliki skasowane.

SecureDoc wykorzystuje do kodowania algorytm lub AES z kluczem 256 bitowym. Szyfrowanie i rozszyfrowywanie zasobów dysku odbywa się w czasie rzeczywistym i jest dla użytkownika zupełnie niezauważalne. Aby uzyskać dostęp do zaszyfrowanego dysku po włączeniu komputera użytkownik musi dokonać jednorazowej autentykacji poprzez podanie hasła lub poprzez tzw. autentykację hardware'ową (karta chipowa, token lub systemy biometryczne - patrz rozdział Tokeny sprzętowe). Następnie korzystanie z komputera odbywa się już zupełnie normalnie a proces szyfrowania jest dla użytkownika niezauważalny.

Konwersja dysków i dyskietek z formy niezaszyfrowanej w zaszyfrowaną i odwrotnie, mimo tego, że wiąże się ze skomplikowanymi operacjami matematycznymi jest absolutnie bezpieczna. Jeżeli w trakcie konwersji dysku nastąpi np. awaria zasilania lub też w trakcie konwersji dyskietki zostanie ona przypadkowo wyjęta z napędu, dane nie zostaną utracone. Program jest odporny na tego rodzaju zdarzenia. Należy po prostu ponownie uruchomić program SecureDoc, który podejmie przerwany proces konwersji (szyfrowania lub rozszyfrowywania) z tego miejsca, w którym został przerwany.

SecureDoc Disk Encryption umożliwia dodatkowo również szyfrowanie wybranych plików lub całych folderów. Dzięki temu może być wykorzystywany do ochrony załączników poczty elektronicznej oraz do ochrony plików przenoszonych przez niechronione media jak niezaszyfrowane dyskietki lub przesyłanie danych przez Internet.